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①マイクで録る

いわゆる普通のアコギ（ピックアップの付いてないもの）にマイクを立てて音を拾う方法です。
なんと言っても手持ちのアコギをそのまま会場に持っていくだけですから余計なことを考えずに済み、アコギに穴を開けなくて済むので安心です。
アコギにピックアップを内蔵すると、どうしても生音の鳴りは下がりますし、物理的に破壊するわけですから気が引けます。
クラシックや、フラメンコあるいは弾き語りなどの分野ではいまだにこの方法が使われています。
生音をそのまま増幅するので自然な音ですが、音の「通り」や「抜け」が今一つで、ハウリングが起きやすいのでバンドでは無理でしょう。

②マグネットピックアップ

サウンドホールにガシャっと挟むタイプのピックアップです。
メカニズムはエレキギターのピックアップと同じで、弦の振動をダイレクトにマグネットが拾います。
その構造上それほど高価ではなくギター本体の加工が必要なく、取り外しもできるのでお手軽に試せます。
ギター本体の空気感、ボディの鳴りが拾いにくいので、ちょっとエレキっぽく聞こえます。
音に芯があって「抜け」が良くハウリングしにくいのが特徴です。

③ピエゾピックアップ

現在、最も一般的で有効な方法だと思います。
多くはギターのブリッジ・サドル裏に埋め込み、圧電素子を利用して弦の振動を電気信号に変えます。
ボディの鳴りも拾えるのでマグネットタイプよりアコギっぽさがあり（という人が多い）ます。
しかしピエゾ独特のギラついた高音が気になるという方が多いです。
たいてい専門業者に取り付けを頼みます。
頑張れば自分でもできますがちょっと勉強が必要です。

④コンデンサ　コンタクト　その他

コンタクトはギターのボディ表面に貼り付け、コンデンサはギターの内部にマイクを内蔵します。
いずれも位置の設定が微妙で難しく、かなり試行錯誤が必要です。
ボディの鳴り、空気感のある良い音ですが、反面、音がぼやけやすく、抜けが悪く、単体だと相当プリアンプで音を作り込まないと音が埋もれやすいです。
バンドには向きません。
他のマイクと併用することが多いようです。

⑤ミックスタイプ

それぞれの欠点を補い合ってバランスをとります。
これから主流になりつつある方法だと言えます。
コンデンサ+ピエゾのパターンが多いです。
加工も大掛かりになり、自分でやるのはなかなか難しいです。

⑥後付けするか、最初から内蔵のものを買うか

最初に生ギターを買って後からピックアップを取り付けるか、
それとも最初から内蔵タイプのギターを買うかは、
難しい問題です。

あまりボディが響いてしまうとその分ハウリングが起きやすいわけで、内蔵タイプのギターというのは一般的に通常のアコギよりもボディの厚さを減らすなどして、音の鳴りが少し抑えてあることが多いようです。
中にはソリッドタイプのボディ（空洞のない）で、アンプを通さないと音量が全然ないものもあります。

ギター本体の鳴りを楽しみたいというならやはり良くなる本体を買って、ピックアップは後付のほうが良いように思いますし、
ライブでしか使わないということであれば内蔵タイプを選んだほうが懸命です。
ギタリストによってはピエゾタイプでもライブのときだけ付けて、レコーディングでは外したりする人もいます。（サドルが2個必要です）

★ピックアップ後付け

★最初から内蔵タイプ

まとめ